Hvis selskapet har omsetning som er innenfor og utenfor mva-loven, vil det utløse forholdsmessig fradrag for inngående mva. Via "Regnskap/Innstillinger/Mva-innstillinger" i hovedmenyen oppretter man mva-koder som brukes for å registrere forholdsmessig mva. Se avsnittet "Forholdsmessig mva". Legg til ny rad, og spesifiser nummer (må være unik), mva-kode (inngående mva) og grunnlagsprosent. Hvis man setter grunnlagsprosenten til 60 prosent, så vil det si at selskapet skal ha fradrag for 60 prosent av inngående avgift på denne mva-koden.
Ved bilagsføring velger man regnskapskonto og mva-koden for forholdsmessig mva.